Eingebettet in die turbulente Zeitgeschichte der 1980er-Jahre, erzählt "Reeperbahn Spezialeinheit FD65" die Geschichte des ersten deutschen Polizeiteams, das sich der Bekämpfung des organisierten Verbrechens widmet. Im Mittelpunkt stehen Zuhälter, Prostituierte, Polizeireporter, Politiker, das Rotlichtmilieu der Hamburger Reeperbahn und das Katz-und-Maus-Spiel zwischen der Fachdirektion 65 und ihren gefährlichen Gegenspielern. Folge 1: Der Pate von St. Pauli Während Politiker deutschlandweit die Existenz organisierter Verbrechensstrukturen leugnen, vermehren sich Anfang der 1980er-Jahre Anzeichen, dass organisiertes Verbrechen sich im Hamburger Vergnügungs- und Rotlichtviertel St. Pauli breitmacht. Gastronom Wilfrid Schulz, der sogenannte Pate von St. Pauli, gilt als mutmaßlicher Drahtzieher. Der Hamburger Kriminalist Wolfgang Sielaff erkennt die Zeichen der Zeit und gründet gegen Widerstand aus Politik und Polizeiführung Deutschlands erste Polizeieinheit zur Bekämpfung Organisierter Kriminalität: die Fachdirektion 65 (FD65). Er versammelt 45 der besten Ermittlerinnen, Ermittler und Staatsanwälte Norddeutschlands, um in den Kampf gegen das in Deutschland damals neue Phänomen "organisiertes Verbrechen" zu ziehen. Mithilfe innovativer Ermittlungsansätze wie der Einschleusung verdeckter Ermittler ins Rotlichtmilieu und Telefonüberwachungen finden Sielaff und sein Team heraus, dass Wilfrid Schulz nicht nur Kontakte zur US-Mafia pflegt, sondern auch hochrangige Polizeibeamte korrumpiert zu haben scheint. Als schließlich drei V-Männer, Polizeiinformanten aus dem Rotlichtmilieu, auf mysteriöse Art und Weise umkommen, muss Sielaff sich der Frage stellen, ob korrupte Polizisten hinter diesen Morden stecken und die Polizei Hamburg, für die er alles gibt, noch auf der richtigen Seite steht.