Vier Schildkrötenbrüder entdecken eine mystische Welt unter den Straßen New York Citys und müssen lernen, zusammenzuarbeiten, um Gefahren zu trotzen. Dabei bekommen sie Unterstützung von Ratte Splinter und der jungen April O'Neil. Um seine Brüder zu schützen benötigt Mikey die Hilfe von Bishops Praktikanten Rod, der möchte als Gegenleistung jedoch in einen Mutanten verwandelt werden.