Der schurkische Schredder ist aus dem Gefängnis geflohen und will die Herrschaft über die Welt an sich reißen. Dafür stellt er ein neues Team zusammen. Michelangelo, Donatello, Leonardo und Raphael sagen dem Bösewicht den Kampf an. Unterstützt werden sie erneut von der Journalistin April O'Neil sowie dem maskierten Casey Jones. Bald müssen sie feststellen, dass eine noch größere Bedrohung als Schredder auf sie wartet.

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