Als Captain Pike und der Wissenschaftler Spock das Schicksal einer Illyria-Kolonie untersuchen, geraten sie auf Hetemit IX in einen Ionensturm. Während das Duo auf der Planetenoberfläche festsitzt, spielen sich an Bord der "Enterprise" dramatische Szenen ab. Ein unbekanntes Virus breitet sich aus, das von dem Außeneinsatz eingeschleppt wurde. Zudem kommt ein bislang gut gehütetes Geheimnis von Nummer Eins, Una Chin-Riley, ans Licht: Die 1. Offizierin der "Enterprise" ist selbst Illyrianerin. Durch fortschrittliche Genmanipulation verfügt Chin-Riley über Superkräfte sowie ein unbezwingbares Immunsystem.

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